Нарьян-Мар не связан с другими городами ни постоянной автомобильной дорогой, ни железной дорогой. С 1991 по 2008 год велось масштабное строительство дороги Нарьян-Мар — Усинск протяженностью 386 км, остановленное при прекращении финансирования. По настоящее время недостроенными остаются 80 км. Трасса должна соединить Ненецкий автономный округ с Республикой Коми, обеспечить ему доступ к железнодорожному узлу в Усинске. С декабря до апреля в Нарьян-Мар можно проехать по зимнику из п. Харьяга. В период навигации на Печоре действует паромная переправа Щельяюр — Нарьян-Мар.
Пока автомобильная дорога не построена, основным видом транспорта, которым можно попасть в Нарьян-Мар, остается авиация. Аэропорт Нарьян-Мара принимает самолёты Ан-24, Ан-26, Ан-12, Ту-134, Як-40, Як-42, Ил-18, Boeing 737, ATR 42, вертолёты всех типов. Эксплуатант аэропорта — ОАО „Нарьян-Марский объединённый авиаотряд“, имеющий в своём авиапарке самолёты Ан-2 и вертолёты Ми-8. Выполняются регулярные рейсы в Москву, Санкт-Петербург, Архангельск, Киров, Сыктывкар, Усинск, а также по местным воздушным линиям.
Грузы в город доставляются морским путём из Архангельска, а также по реке из города Печоры в морской порт Нарьян-Мар.
